皇太極死后，莊妃為了幫助自己的兒子福臨當上皇帝，攏絡皇太極之弟、攝政王多爾袞，后來民間一直有“太后下嫁”的傳說，并把它與“世祖出家”、“世宗奪嫡”并列為清初三大疑案。盡管沒有確鑿的證據，人們對這年輕的叔嫂間的關系不免有些議論。

順治帝在位十八年，因患天花，二十四歲就身亡了。年幼的康熙皇帝在孝莊文皇后的扶持下，八歲登極，十四歲親政。其間輔政大臣鰲拜伺機篡權，康熙皇帝智擒鰲拜，奪回大權，也得助于孝莊文皇后的幫助。這一切，都顯示出這位太后非同一般的才干。