明朝內閣大學士王錫爵，甚至拿出朱元璋不征越南的例子，來反對開戰決議，對此朱翊鈞回復了一句話：緬甸不是安南（越南），我也不是太祖朱元璋。開戰之后，明朝政府軍與當地土司密切配合，取得斬殺緬甸軍數萬的“攀枝花大捷”，一舉收復自明朝嘉靖年間以來，緬甸侵吞中國的所有領土（后來又被清王朝給搞丟了）。而另一次“河洮之變”，起因則因韃靼可汗扯立克悍然進犯青海地區，殺明朝總兵李連芳，消息傳來，群臣一片喊打聲。但朱翊鈞卻力排眾議，雖然任命宣大總督鄭洛主持戰事，但密令鄭洛不要冒然開戰，而是采取分化瓦解策略，拉一支打一支，最終平息動亂。被認定昏庸的萬歷，在國家大事上，卻有他剛猛果敢的一面。
莫欺萬歷不上朝
親政后的朱翊鈞，最出名的事，是幾十年不上朝。但即使不上朝，國家大事他也不糊涂，最大的本事就是用人。群臣曾建議從朝廷大臣里選派封疆大吏，接著被他一頓批，說沒上過戰場的京官怎么能戍邊？甚至還曾下令，只要是人才，可以破格越級提拔。
后來在青海立下邊功的鄭洛，便來自他的慧眼識英。而且一旦決定用誰，朱翊鈞的態度便十分堅定，哪怕周圍各種構陷彈劾，也從不為之所動。他任命李如松提督遼東，任命徐貞明開墾京郊農田，都招來反對聲一片，彈劾奏章滿天飛。朱翊鈞卻從不動搖，相關彈劾一律壓住：天塌下來朕頂著，你就給我放心做事。事實證明，他都對了。
甚至連民生細節問題，朱翊鈞也很明白，內閣大臣們曾奏請在京城開發水田，各位臣子們妙筆生花，把開發水田的美好前景說的天花亂墜，朱翊鈞耐著性子聽半天，最后吐槽一句：南方氣候溫和，北方氣候干燥，要是碰上干旱，水田怎么辦？就這一句話，令各位“能臣”頓時啞火，一場開發鬧劇也就及時叫停。
