回民叛亂
1864年，新疆地區的回族、維吾爾族人民，在陜甘地區回民起義影響下，在天山南北起兵反清，先后攻占庫車、烏魯木齊、哈密、瑪納斯和喀葉噶爾舊城。但是，這些打著反清旗號的武裝暴動，一開始就被少數反動封建主竊取了領導權，成為他們搞割據分裂的工具。喀什噶爾的封建主金相印為了兼并漢城（今疏勒），向浩罕汗國求援。潔罕汗國派遣阿古柏率大軍于1865年侵入南疆。阿古柏在南疆地區大肆攻城掠地，不斷擴充勢力，于1867年底以喀什噶爾為中心，成立所謂的“哲德沙爾”偽政權，自稱“巴達吾來特阿孜”（意即洪福之王）。到1870年，阿古柏控制了整個南疆和北疆的部分地區。
內外勾結
阿古柏侵占新疆期間，對外投靠俄、英和土爾其，對內殘酷壓迫各族人民。沙俄趁機施展狡猾的伎倆，一面以幫助清政府安定邊境秩序為借口，于1871年6—7月間，強占中國伊犁地區，名曰“代為收復”;一面悉心籠絡阿古柏，于1872年承認阿古柏為“哲德沙爾汗國君主”，同阿古柏簽訂通商條約，獲得許多侵略權益。英國也于1874年同阿古柏簽訂正式條約，承認阿古柏的“艾米爾”（即統治者）地位及其竊踞地區為“合法的獨立王國”，從而取得了在阿古柏統治區通商、駐使，設領事等特權。這樣，阿古柏就成了沙俄和英國分裂中國領土的共同傀儡。
面對新疆地區這一嚴重形勢，清政府決定采納陜甘總督左宗棠收復新疆的建議，出兵新疆，消滅阿古柏傀儡政權，恢復被沙俄侵占的伊犁地區的主權。
