可能的解釋

有些人認為，陰陽眼的現象來自精神分裂癥或其他精神疾患造成的幻覺和妄想。由于十分逼真，使得看到的人能十分具體地描述，取信于人。

也有人認為陰陽眼源于眼球疾病邦納癥候群。有些人的視網膜失去了一部分的視物功能，那一部分的眼球便出現了幻覺。

宗教中的陰陽眼

雖然陰陽眼并未得科學證實，但在許多宗教中，都有能夠用肉眼看見靈體的人物。這些人通常都是神（如基督教中的耶穌），先知，或有神性的人物。

而佛教中的五眼和“天眼通”，也能視為陰陽眼的解釋。