達爾文寫道：“這些不同尋常的生物幾乎可以稱為活化石;它們一直存活到了現在，分布于有限的區域內，所受到的競爭壓力也因此沒那么激烈。”在那個時代，我們現在已知的許多活化石物種還沒有被發現。1938年在南非，一位名叫瑪羅麗·考特內-拉蒂邁(Marjorie Courtenay-Latimer)的博物學家在檢查魚類標本時，發現了一種原本以為已經滅絕的魚類。這種魚后來被命名為西印度洋腔棘魚(Latimeria chalumnae)，科學家原以為它們在6500萬年前就已經滅絕。

腔棘魚的歷史可以追溯到3.9億年前。它們是大型的深海魚類，能長到2米長，魚鰭上長有肌肉，如同肢體，鰭上也有鱗片覆蓋，且全身鱗片上長有斑點。現存的腔棘魚有兩種，一種是西印度洋腔棘魚，另一種為印尼腔棘魚(L. menadoensis)，二者是肉鰭魚類最后的幸存者。

“腔棘魚的發現讓‘活化石’變得廣為人知，”古生物學家理查德·福提(Richard Fortey)說，“這是個戲劇性的發現，所有人都認為它們已經和恐龍一塊滅絕了。”不過，腔棘魚更為重要的意義是告訴了我們有關陸地動物演化的信息。

大約4億年前，一些魚類以魚鰭為肢體，開始登上陸地。這些先行者開啟了陸地四足動物演化的序幕，包括從蜥蜴到青蛙，從鳥類到人類等陸地脊椎動物都由這些魚類分化而來。2013年，科學家對西印度洋腔棘魚的基因組進行了測序，發現它們是最接近第一批陸地動物的物種。不過，這還不足以使它們成為真正的“活化石”。同樣發表于2013年的另一項研究稱，通過對腔棘魚化石和DNA的檢測，發現現存的兩個物種與它們恐龍時代的祖先具有顯著差異，這種差異不僅表現在基因水平，而且表現在體型特征上。

“(活化石)這個詞暗示在很長的時間跨度內，演化沒有在生物體上體現出來，”西雅圖Benaroya研究所的克里斯·阿梅米亞(Chris Amemiya)和馬克·羅賓森(Mark Robinson)說，“而在腔棘魚身上這顯然是不成立的。”阿梅米亞和羅賓森都從事腔棘魚基因組的研究。

簡而言之，腔棘魚的骨骼已經發生了改變，它們的第二背鰭從棘刺變成了肉葉狀，失去了口部邊緣的骨骼。4億年前的腔棘魚與現在的腔棘魚已經不大一樣，那么，還存在身體結構沒有變化的動物嗎?

鱟蟲看起來比腔棘魚更像是遠古生物。它們都長著寬闊、平坦的背甲，下面藏著頭部和節狀的腹部，尾節的兩側是一對細長的尾叉，如同天線。鱟蟲的分布地點可以相隔很遠，中國、歐洲和美洲都有，它們已經存活了3億年，是二疊紀大滅絕的幸存者。

根據2013年的一項研究，鱟蟲在數百萬年時間里經歷了顯著的分化。研究負責人、英國赫爾大學的阿非利加·戈麥斯(Africa Gómez)說：“存在著許多演化的清晰證據。”事實上，鱟蟲之所以存活至今，關鍵可能就在于它們的繁殖方式。鱟蟲是雌雄同體的，可以單獨產生后代。

鱟蟲是自體受精的雌雄同體動物，在卵巢中具有能產生精子的器官，因而能給自己的卵細胞授精。“雌雄同體或許可以使生物能更好地占據棲息地，”戈麥斯說，“因而在一些環境變化頻繁的區域，它們就具有更大的優勢。”特別是在20000年前的末次冰期末期，歐洲北部被冰蓋覆蓋。當冰雪融化是，新的洪水平原、河流和湖泊出現，雌雄同體的動物如鱟蟲等，就能以相對較快的速度占據棲息地。