日本的黑道家族表面上和黑手黨家族的結構一樣，由組長(kumicho，相當于黑手黨的教父)來統管整個家族，在他之下還有若干舍弟、干部、若頭，形成一個金字塔結構。此外，各地區還有各地區的頭目、副手、顧問以及眾多的普通會眾，這讓日本黑幫的結構更加復雜。有的黑幫家族的結構有所不同，是由小幫派結成的聯盟。

黑幫組織中的核心架構是一種類似父子的關系，這一關系把所有的組織成員牢牢地綁在了一起。在黑幫家族中，“父親”會借助其影響力來保護“兒子”，同時給予“兒子”忠告和指導，以此換取“兒子”完全的忠誠和無條件的服從。日本社會對榮譽和傳統的重視也進一步加強了這種關系。但如果“兒子”沒有完成“父親”交待的任務時，這種父子關系并不能保護他免受懲罰，例如逐出幫派甚至斷指。家族中的每一個人都可能既是“父親”又是“兒子”面對上級時扮演“兒子”的角色，面對下屬時則扮演“父親”的角色。

不論是加入黑幫家族還是在黑幫家族中結為父子關系都需要舉行一種特殊的儀式。在儀式中，主持者先為新加入的成員和他的老大各倒一杯酒，讓二人各喝一點，隨后交換酒杯再喝一點。老大要將杯中的酒喝完，而新人只能小口啜飲。

盡管許多日本黑道家族有明顯的民族主義烙印，但有的幫派也會吸收韓國成員。日本人常常瞧不起韓國人，這加劇了日本黑道的卑下地位。而日韓之間高回報的走私交易也加強了韓國對日本黑幫的影響。